Die Berkel gehört zu den wenigen Flüssen im Münsterland, die zumindest noch auf Teilstrecken in einem natürlichen Flussbett verlaufen. Seit 1988 gibt es Bestrebungen, den Fluss im Kreis Coesfeld unter Schutz zu stellen. 1994 wurde zunächst der Quellbereich als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Im gleichen Jahr folgte die Naturschutzgebietsverordnung für die Berkelaue zwischen Billerbeck und Coesfeld und schließlich kam 2004, mit der Änderung des Landschaftsplanes Coesfelder Heide-Flamschen, der dritte Abschnitt westlich der Stadt Coesfeld hinzu.
Darüber hinaus ist ein weitgehend zusammenhängender Berkelabschnitt von der Quelle bis Vreden als FFH-Gebiet Berkelaue unter europäischen Schutz gestellt worden. Mit dem FFH-Gebiet stehen insgesamt rund 64 km Gewässerlänge mit den angrenzenden Auenflächen unter Schutz. Hiervon befinden sich ca. 24 km im Kreis Coesfeld und weitere 40 km im Kreis Borken. Die Gewässerdynamik ist vor allem im Kreis Coesfeld in weiten Teilen durch den Verbau von Ufer- undSohlbereichen mit tief eingeschnittenem Erosionsprofil sowie die Errichtung von Wehren und Mühlanlagen beeinträchtigt. Während die Aue im Stadtgebiet Coesfeld überbaut ist, durchqueren in der offenen Landschaft lange Fließgewässerabschnitte eine intensiv genutzte Landschaft mit bis an die Ufer heranreichenden Ackerflächen. Dennoch ist die Berkel auf längeren Abschnitten unbegradigt und mäandriert naturnah in der Niederung.
Quelle: https://naturschutzzentrum-coesfeld.de/